其次，滞后的人员编制管理对深入推进事业单位人事制度改革造成了极大困难。由于编制管理滞后，改革中产生了许多问题和矛盾。在岗位设置方面，如何解决工作所需的“编外”人员定岗，已经成为设岗工作的一大难题；在人员聘用方面，由于编制额的限制，许多单位合理的人员招聘受到限制；在工资报酬上，“编内”与“编外”人员同岗不同酬的现象十分普遍，有的同岗不同酬的差别达到了1倍甚至数倍，内部职工福利待遇也有差异；在合同签订方面，“编外”人员合同签订极不规范，甚至不予签订合同，给规范用人，保障劳动者合法权益带来很大困难；在职业发展方面，有的单位对“编外”人员设置许多发展限制，不考虑提职普升和职称评定，等等。这些问题已经严重妨碍了事业单位人事制度改革的顺利进行。

再次，滞后的人员编制管理可能影响到事业单位社会养老保障制度的顺利实施，引发新的社会不公平。目前，事业单位工作人员社会养老保险制度改革试点正在启动。试点过程中将不可避免地面临如何解决事业单位众多“编外”人员养老保险的问题。这其中如“编外”人员是否适用养老保险政策、单位是否为“编外”人员缴费、“编外”人员个人养老金依据什么计算等问题。由于许多单位对编制内外人员实行区别管理和差别管理，因此，能否在养老保险政策上一视同仁，将是一个不可忽视的社会公平和基本民生问题。此外，由于因编制所产生的待遇差异问题，还不时引发上访事件。

事业单位人员编制改革既面临编制需要合理增加，又面临编制需要合理减少的问题。如一方面，随着城乡一体化的推进和外来务工人员的不断增加，大多数沿海农村医疗卫生机构业务量急剧增长，但人员编制却没有得到及时扩充，致使农村医疗卫生工作不能适应新形势需要。没有空编，无法招聘人员；因为缺编，被迫普遍采取留用退休人员或者招收临时人员。另一方面，随着《公务员法》的出台，行政编制收紧，事业单位编制成为紧俏“商品”，因而成为某些公权力掌握者权力寻租、违规用人的腐败温床。人情户、关系户等违规超编进人现象经常发生。